Depuis sa construction par Salâh Ad-Dîn Al-Ayyûbî (Saladin), la Citadelle demeura le siège du gouvernement égyptien sous l’autorité des Ayyûbides, des Mamelouks, des Ottomans ainsi que sous le règne de Muhammad ʿAlî Pasha. Il fallut attendre le Khédive Ismâʿîl pour que le siège du gouvernement soit transféré de la Citadelle au Palais de ʿÂbidîn.

Après avoir restauré les remparts de la Citadelle, Muhammad ʿAlî Pasha, le père de l’Égypte moderne, fit construire plusieurs palais, écoles, et édifices administratifs. Son œuvre maîtresse fut néanmoins la grande mosquée qui porte son nom, avec ses dômes et ses minarets, et qui surplombe la ville du Caire. La construction de cette mosquée débuta en 1246 A.H. (1830 E.C.), sur les ruines de vieux édifices mamelouks, et fut achevée en 1265 A.H. (1848 E.C.). Ses décorations furent complétées ultérieurement sous le règne de ʿAbbâs Pasha I^er.

La mosquée est construite sur le modèle des mosquées ottomanes d’Istanbul. Sa base carrée mesure 41 mètres de côté ; elle possède un dôme central, de 21 mètres de diamètre et de 52 mètres de haut, reposant sur quatre grandes arches, elles-mêmes soutenues par quatre imposants piliers. Le dôme est flanqué de quatre semi-dômes. Aux angles, on trouve quatre autres petits dômes. Un semi-dôme couvre en outre le mihrâb, situé du côté Est de la mosquée. Les murs et les piliers sont revêtus d’albâtre jusqu’à une hauteur de 11,30 mètres, et possèdent une ornementation colorée sur le haut. Les dômes et les semi-dômes sont décorés de peintures et de dessins en relief dorés.

Le balcon, soutenu par des arches et des colonnes en albâtre, se situe sur le flanc ouest de la mosquée. Les balustrades du balcon et les galeries qui entourent les dômes sont en bronze.

À l’angle sud-ouest, il y a le cénotaphe de Muhammad ʿAlî Pasha. Le support du cénotaphe est en marbre et est gravé de beaux dessins et de somptueuses inscriptions. La pièce est entourée par une belle grille en bronze, fabriquée sur ordre de ʿAbbâs Pasha I^er. Il y a deux minbars ; le plus grand, construit en bois et décoré par des ornements dorés, est le minbar originel. Le plus petit, fait en albâtre, fut construit en 1358 A.H. (1939 E.C.) sur ordre de Sa Majesté le Roi Fârûq I^er.

La mosquée est éclairée par de magnifiques chandeliers en cristal avec de beaux amas de lampes en verre. Aux angles ouest de la mosquée, s’érigent deux élégants minarets cylindriques de type turc. Chacun d’entre eux mesure 82 mètres de haut.

La mosquée possède trois entrées, une au milieu de chacune des façaces nord, sud et ouest. L’entrée occidentale ouvre sur une grande cour intérieure carrée de 53 mètres de côté, entourée de quatre salles dont les arches, les colonnes et les murs sont tous revêtus d’albâtre. Au milieu de la cour intérieure, il y a un réservoir d’eau pour les ablutions, de forme octogonale et recouvert d’un dôme en albâtre sculpté, au-dessus duquel il y a un grand dôme soutenu par huit colonnes. Ce dôme possède un vélum avec des décorations en relief dorées, représentant des scènes inspirées de la nature. Il est recouvert, à l’instar des autres dômes de la mosquée, de feuilles de plomb. Au milieu de la salle occidentale, il y a une grande horloge en cuivre, offerte en 1845 par Louis-Philippe, Roi de France, à Muhammad ʿAlî Pasha. La cour intérieure possède deux entrées, l’une au nord et l’autre au sud. Les murs de la mosquée ont un revêtement extérieur en albâtre de la même hauteur que le lambris intérieur. Près des façades nord et sud, on trouve deux salles, avec des arches et des colonnes en albâtre.

Vers la fin du XIX^e siècle, la mosquée montra des signes de fractures. On la répara en 1899 en renforçant les quatre piliers et en ancrant la maçonnerie des arches, au niveau de leur suspension, par des ceintures en fer. Ces réparations ne furent cependant pas suffisantes, puisque très rapidement, de nouvelles fractures commencèrent à apparaître à divers endroits de la mosquée. L’édifice devenant donc de plus en plus dangereux, un plan de restauration complète fut mis au point en 1931, sur ordre du Roi Fu’âd I^er. Ce plan comprenait la démolition, la reconsruction, la peinture et la dorure de tous les dômes. La première partie de ce plan fut achevée durant le règne du Roi Fu’âd I^er. La deuxième partie, comprenant l’installation du marbre, la peinture et la dorure fut achevée sous le règne de Sa Majesté le Roi Fârûq I^er. Le coût total de la restauration s’éleva à cent mille livres égyptiennes.

Lorsque les travaux se terminèrent en 1358 A.H. (1939 E.C.), la mosquée fut inaugurée par Sa Majesté le Roi Fârûq I^er, qui ordonna par ailleurs la construction du minbar en marbre situé près du mihrâb. La position du nouveau minbar permet ainsi au prédicateur de faire face à tous les fidèles. On améliora également la niche de la qiblah en condamnant ses fenêtres avec de l’albâtre. La boiserie du mihrâb fut décorée au milieu avec le Nom de Majesté « Allâh », lequel est entouré par des dessins en relief, au-dessus d’un verset du Coran écrit en lettres d’or.

Cette mosquée est l’un des édifices incontournables du Caire et l’un des tout premiers monuments qu’on peut apercevoir en approchant de la ville de n’importe quelle direction.