Lorsque ʿAmr Ibn Al-ʿÂs, chef des troupes musulmanes, arriva en Égypte, il fit construire la ville de Fustât où il bâtit sa mosquée en 21 A.H. (642 E.C.).

Il s’agissait d’un édifice très simple faisant 30 coudées de largeur et 50 de longueur, soit 17 x 29 m. Ses murs étaient faits de briques en terre et le plafond était composé de demi-troncs de palmiers, soutenus par des troncs de palmiers en guise de colonnes. Le plafond était couvert de terre et de feuilles de palmier. Le sol était quant à lui couvert de cailloux. Rien de ce premier édifice n’a survécu, suite aux nombreuses rénovations de la mosquée.

L’Histoire enregistra toutefois les modifications et transformations successives que la mosquée connut depuis sa fondation jusqu’à nos jours. Sa superficie fut étendue, le plafond élevé, les troncs de palmiers remplacés par des colonnes de marbre, et les murs, quant à eux, furent décorés. De nouvelles entrées furent réalisées dans la mosquée et des éléments architecturaux notables furent introduits.

En 53 A.H. (672-73 E.C.), Muʿâwiyah ordonna à Maslamah Ibn Khallâd, gouverneur d’Égypte, de construire dans la mosquée quatre tours, semblables à celles qui se tiennent aux coins de l’ancien temple de Damas. Pour accéder à ces tours, des échelles extérieures furent installées. Ces quatre tours carrées furent à l’origine des minarets construits en Égypte. Plus tard, diverses formes de minarets furent élaborées, avec notamment certains éléments architecturaux sophistiqués.

Un autre élément architectural fut introduit plus tard dans cette mosquée. Il s’agit du mihrâb concave, copié par Qurrah Ibn Sharîk sur celui réalisé par ʿUmar Ibn ʿAbd Al-ʿAzîz dans la mosquée de Médine en 88 A.H. (706-7 E.C.). Ce mihrâb succéda à un mihrâb plat.

En 212 A.H. (827 E.C.), ʿAbd Allâh Ibn Tâhir, nommé gouverneur d’Égypte par le Calife ʿabbâside Al-Ma’mûn, ordonna d’agrandir la mosquée du côté ouest en doublant sa superficie. La mosquée fit alors 112 x 120 m. Il s’agissait du dernier agrandissement de la mosquée.

La mosquée présentait une cour intérieure, entourée de quatre galeries. La salle de prière comptait sept arcades, dans toute la largeur de la mosquée, parallèles au mur de la qiblah [1]. La galerie arrière était similaire. Les galeries latérales, quant à elles, comportaient sept arcades parallèles au mur de la qiblah, s’étendant depuis les murs latéraux jusqu’à la cour intérieure. La mosquée avait treize entrées, trois dans la façade nord, cinq à l’est, quatre à l’ouest et une dans la façade de la qiblah. Dans la partie supérieure des murs, il y avait une rangée de fenêtres, deux à deux séparées par une niche couverte par un chapiteau cannelé.

Cette mosquée connut des périodes de ruine et de destruction et fut rénovée maintes fois.

Aujourd’hui, elle compte une grande cour intérieure aboutissant sur trois portes réalisées dans sa façade nord. Le côté sud se termine par la galerie de la qiblah, comptant 19 arcades portées par des colonnes de marbre, perpendiculaires au mur de la qiblah. Ces arcades furent construites au milieu du XIXe siècle. Les fragments d’architraves boisées se trouvant au-dessus des chapitaux des colonnes, à côté du mur ouest de la galerie de la qiblah, sont d’une importance capitale car les décorations qui y sont gravées montrent qu’elles furent réalisées du temps de ʿAbd Allâh Ibn Tâhir, en 212 A.H. (827 E.C.).

Les murs extérieurs appartiennent à des époques différentes. Les plus importants remontent au temps de ʿAbd Allâh Ibn Tâhir et contiennent des fenêtres dans le mur ouest, avec des restes de sculptures sur bois. Certaines fenêtres dans ce mur, ainsi que dans le mur nord, sont dûs à l’Emir Salar qui restaura la mosquée en 703 A.H. (1304 E.C.). Cette rénovation apporta notamment le magnifique mihrâb en stuc encore présent dans la façade nord.